Struktur organisasi Badan Kepegawaian Daerah Kabupaten Klaten berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Klaten Nomor 23 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Kepegawaian Daerah Kabupaten Klaten adalah sebagai berikut :

• Kepala Badan Kepegawaian Daerah
• Sekretariat Badan Kepegawaian Daerah membawahi :
  • Sub Bagian Perencanaan dan Pelaporan
  • Sub Bagian Keuangan
  • Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
• Bidang Umum Kepegawaian
  • Sub Bidang Administrasi Umum, Dokumentasi dan Pengolahan Data
  • Sub Bidang Pembinaan Disiplin, Perundang-undangan dan Kesejahteraan Pegawai
• Bidang Pengembangan Pegawai
  • Sub Bidang Pengadaan dan Pengembangan Pegawai
  • Sub Bidang Pendidikan dan Pelatihan Pegawai
• Bidang Mutasi
  • Sub Bidang Penggajian, Kepangkatan, Pemberhentian dan Pensiun
  • Sub Bidang Mutasi Jabatan dan Staf